公元1644年，清朝定都北京，进而统一中国。清朝循历史定例在西藏行使主权，只要前朝所封官员进送旧朝印信、改授新朝印信，其原有地位不变。公元1652年，五世达赖喇嘛应召到北京觐见顺治皇帝，次年受到清朝正式册封，达赖喇嘛的封号和其在西藏的政教地位遂正式被确定下来，此后历辈达赖喇嘛须经中央政府册封遂成定制。

　　清朝对西藏的施政管理，在总结元明两朝治藏经验的基础上，根据实际情况和形势变化作了重大而全面的调整，例如：

　　——设置驻藏大臣总揽全藏。明确规定驻藏大臣的地位与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等，监督在达赖喇嘛领导下的噶厦政府，噶伦、代本由达赖喇嘛和驻藏大臣呈请清中央政府任命，以下官员由驻藏大臣与达赖喇嘛会同挑选。

　　——调整西藏地方的政教管理体制，规定行政管理体制构架和地方政权组织形式，如废除郡王制，建立噶厦政府（原西藏地方政府）管理地方行政。

　　——赐封达赖喇嘛、班禅额尔德尼名号，扶持这两大活佛转世系统的政教地位得以巩固、确立和延续；确定了在驻藏大臣监督主持下，经金瓶掣签选定达赖、班禅或大喇嘛转世灵童人选，并报经中央政府批准后方可合法继位的金瓶掣签制度。

　　——确立西藏地方涉外事务、边境国防的决定权归中央等原则。

　　——勘定西藏与青海、四川、云南间的界线；规定达赖喇嘛、班禅额尔德尼的辖区及权限，划分了驻藏大臣直辖区。

　　1840年鸦片战争期间，在祖国东南沿海宁波、大宝山等地的抗英前线，来自川甘（今四川、青海、甘肃）的藏族官兵奋勇杀敌，重创英军。与此同时，英帝国主义派兵大举进犯西藏西部阿里等地，在驻藏大臣的督导下，十三世达赖喇嘛同九世班禅额尔德尼共同领导了西藏军民的抗英斗争。1888年和1904年，西藏军民又英勇地开展了两次抗英斗争。